La riserva naturale orientata “Fiume Fiumefreddo” è stata istituita nel 1984 al fine di “consentire la conservazione della flora acquatica ed il ripristino, lungo gli argini, della vegetazione mediterranea”.
Oggetto prioritario di tutela è quindi la salvaguardia di questo peculiare corso d’acqua che trae origine da alcune importanti sorgenti e che in passato presentava portate costanti ed alquanto elevate al confronto con altri corsi d’acqua siciliani. Oggi il Fiumefreddo, il vicino pantano Gurna ed alcune sorgenti minori costituiscono l’ultimo residuo del vasto sistema di zone umide costiere che si estendeva da Riposto alla foce dell’Alcantara.

Alla peculiarità dell’ambiente corrispondono biocenosi di estremo interesse dal punto di vista naturalistico. In particolare molto ricca è la flora che presenta specie acquatiche e ripariali rare o non presenti in altre aree della Sicilia. La vegetazione igrofila comprende il Ranuncolo a pennello, le Brasche, il Sedano d’acqua, lo Sparganio, la Gamberaia maggiore, il Crescione, la Menta d’acqua e la Veronica d’acqua. Nei pressi delle sorgenti “Quadare” dominano numerosi esemplari di Papiro. Lungo le sponde sono presenti specie, quali il Pioppo bianco e il Salice bianco, che costituiscono un residuo di ben più vasti boschi planiziali.

Purtroppo le manomissioni effettuate, soprattutto i prelievi idrici, stanno determinando la scomparsa di alcune specie e la banalizzazione della vegetazione riparia. Il perdurare della riduzione delle portate del corso d’acqua rischia di fare venire meno, nell’arco di poco tempo, le stesse motivazioni dell’istituzione della riserva naturale.

Il maggiore elemento di deterioramento della riserva è costituito dai prelievi effettuati sul bacino idrogeologico a cui fanno capo le sorgenti che alimentano il corso d’acqua. I predetti prelievi, ed in particolare quelli effettuati dall’acquedotto Bufardo-Torrerossa, infatti, hanno ripetutamente determinato il prosciugamento della sorgente “Capo d’Acqua” (e del relativo ramo del corso d’acqua) e hanno drasticamente ridotto le portate delle sorgenti “Quadare”. In particolare, la sorgente “Capo d’Acqua”, ed il relativo ramo del Fiumefreddo che da essa si origina, sono ormai quasi costantemente prosciugati. Le sorgenti “Quadare”, che presentavano portate abbastanza costanti durante tutto l’anno, con valori medi annui superiori ai 1500 l/s, hanno visto diminuire le portate sino a valori di alcune decine di l/s o anche meno. Nell’estate del 2003 il tratto terminale del corso d’acqua era del tutto asciutto; tale situazione si era già verificata in anni precedenti.
I prelievi idrici a fini agricoli presenti all'interno della riserva naturale acuiscono l'attuale situazione di stress idrico in cui si trova il corso d’acqua.

Dall'istituzione della riserva naturale le condizioni ambientali sono progressivamente peggiorate sia per manomissioni e interventi illegittimi sia per l'assenza di una strategia di conservazione della natura.

Le maggiori manomissioni effettuate nella riserva dalla sua istituzione ad oggi paradossalmente sono state effettuate dall’ente gestore. Per ben due volte, nel 1997 e nel 2003 la zona A, per un’ampia fascia lungo la sponda sinistra del fiume, è stata sconvolta da lavori di sbancamento e di distruzione della vegetazione effettuati anche con l’utilizzo di mezzi meccanici.
I lavori del 2003 hanno sconvolto pesantemente lo stato dei luoghi, hanno comportato una profonda alterazione ambientale e paesaggistica e hanno eliminato l’intera fascia di vegetazione riparia; sono stati persino estirpati e tagliati esemplari arborei di salici e pioppi e bruciati rami e resti della vegetazione all’interno del bosco ripario. Difficilmente quantificabili, ma sicuramente gravi, sono stati i danni apportati alle specie animali presenti nella riserva.
Le gravissime e rozze manomissioni hanno comportato, ovviamente, la violazione di diversi punti del regolamento della riserva da parte di chi avrebbe il compito di farli rispettare.
Va evidenziato che sia nel 1997 che nel 2003 i lavori sono stati affidati ad una cooperativa di cui facevano parte componenti della locale sezione del WWF e che, oltre a devastare ambienti naturali, ebbero l’effetto di “ripulire” il terreno e facilitare il deflusso delle acque a tutto vantaggio di un proprietario dei terreni limitrofi al corso d’acqua.
Simile intervento l'ex Provincia Regionale lo effettuò nell’estate del 2000: con l’utilizzo di mezzi meccanici cingolati venne sbancata l’area della sorgente “Capo d’Acqua” ed asportata la vegetazione naturale. La motivazione di tali lavori, spacciati per di più come interventi di ripristino ambientale, sarebbe stata la prevenzione di incendi nella riserva.

Oggi gli ambienti ripari del corso d'acqua sono estremamente ridotti a causa di attività agricole e vivaistiche. L’attività vivaistica, in particolare, essendo imperniata sulla produzione di piante ornamentali, oltre all’elevato utilizzo di acqua, comporta l’impiego di prodotti chimici e risulta, pertanto, pregiudizievole al mantenimento di una buona qualità biologica delle acque. Anche le esigenze della fauna (alimentazione, rifugio, riproduzione) non sono rispettate in quanto richiederebbero aree ben più ampie dell’attuale ristretta fascia lungo il corso d’acqua.
L’ente gestore non ha intrapreso nessuna iniziativa per contenere le suddette attività, autorizzando, per di più, cambi di coltura e non intervenendo neppure nei casi in cui a ridosso delle sponde del corso d’acqua sono state piantate e rimosse (con inevitabili movimenti di terra) grosse piante ornamentali.