Il Parco fluviale del Fiume Alcantara è stato istituito nel 2001 ai sensi dell'art. 129 della legge regionale 3 maggio 2001, n. 6 (Disposizioni programmatiche e finanziarie per l'anno 2001).
E' quindi il primo parco in Sicilia ad essere istituito direttamente attraverso un provvedimento legislativo.

L'Alcantara è uno dei principali corsi d'acqua della Sicilia, con ambienti naturali di grande interesse naturalistico e paesaggistico.
Il Parco fluviale, tuttavia, è stato istituito nell'area originariamente prevista per la riserva naturale "Fiume Alcantara" inclusa nel Piano regionale delle Riserve naturali del 1991.
La perimetrazione della riserva naturale, che è quindi l'attuale perimetrazione del Parco fluviale, è del tutto insufficiente a tutelare gli ambienti naturali acquatici e ripari in quanto è limitata ad una stretta fascia lungo il fiume. Anche i principali affluenti del fiume non sono tutelati dal parco fluviale.
Nonostante sia stato redatto da alcuni anni un progetto per la perimetrazione del Parco, certamente da migliorare, e per il quale sono state presentate le osservazioni così come previsto dalla normativa, l'area protetta non ha ancora una perimetrazione dopo sedici anni dalla sua istituzione.
L'inadeguata perimetrazione sta consentendo di realizzare strutture edilizie ed altri interventi antropici in aree a ridosso del corso d'acqua. La legittimità di questi interventi è dubbia anche perchè determinano impatti negativi anche al Sito di Importanza Comunitaria.

Numerose altre problematiche di conservazione non sono state ancora adeguatamente affrontate; in particolare gravi impatti sulle biocenosi acquatiche sono determinati dai consistenti prelievi idrici (idroelettrici, civili ed agricoli) nonché dagli scarichi di centri urbani ed attività produttive.