L’urbanizzazione ed una sempre più massiccia antropizzazione del territorio rappresentano oggi la maggiore minaccia alla sopravvivenza delle ultime zone umide siciliane. Questa minaccia è particolarmente forte soprattutto nei confronti delle aree umide costiere, per le pressioni derivanti dall'edilizia residenziale abusiva o da progetti di insediamenti industriali o artigianali nelle aree limitrofe. Desta preoccupazione la situazione delle aree della foce del Simeto, dove sono presenti diversi agglomerati abusivi incompatibili; inoltre, l'espansione della zona industriale di Catania nelle aree a monte della riserva ed a essa limitrofe sta determinando la scomparsa di piccole aree palustri temporanee e determina un'alterazione dell'assetto idrogeologico anche della stessa riserva.

Le acque di molte zone umide siciliane presentano livelli di inquinamento preoccupanti a causa di scarichi diretti o indiretti. In molti casi l'inquinamento ha origine dalle aree agricole limitrofe in quanto il dilavamento dei terreni finisce per convogliare nelle acque i prodotti chimici utilizzati in agricoltura (concimi, fitofarmaci, pesticidi), determinando fenomeni di eutrofizzazione e la concentrazione di sostanze altamente tossiche.
All'interno delle zone umide confluiscono spesso le acque di scarico di centri abitati, determinando in alcuni casi preoccupanti fenomeni di inquinamento. Ad esempio, la vecchia ansa del fiume Simeto (zona A della riserva naturale "Oasi del Simeto") riceve le acque, più o meno depurate, del depuratore di Catania che determinano non soltanto l'inquinamento della parte terminale di questa importantissima zona umida ma anche la progressiva trasformazione de limitrofi stagni salmastri costieri (“salatelle”). La presenza di acqua dolce, infatti, modifica il livello di concentrazione salina, e ciò a sua volta determina un'alterazione del tipo di vegetazione e una perdita di biodiversità.

All'interno dei parchi e delle riserve naturali siciliane la caccia è vietata ma i fenomeni di bracconaggio sono, purtroppo, ancora frequenti.
Le Zone di Protezione Speciale (Z.P.S.), istituite ai sensi della Direttiva 79/409/CEE concernente la conservazione degli uccelli acquatici, non prevedono, allo stato attuale, alcuna limitazione all'attività venatoria; per tale motivo solo se queste zone sono contemporaneamente parchi o riserve naturali è precluso l'esercizio della caccia. Ci si augura che l'attuazione dei "Piani di gestione" previsti dalla normativa ponga fine a questo evidente paradosso.
Questa è, ad esempio, la situazione del complesso di zone umide situate nell'estremità meridionale della Sicilia, ambienti di estremo interesse per la conservazione dell'avifauna stanziale e migratoria. Nonostante l'area sia stata individuata come Z.P.S. (ITA090029 "Pantani della Sicilia Sud-Orientale, Morghella, Marzamemi, Punta Pilieri e Vendicari") la fauna non non è tutelata in alcun modo; l'istituzione della riserva naturale "Pantani della Sicilia Sud-orientale", prevista dal Piano regionale dei Parchi e delle Riserve naturali del 1991, consentirebbe il divieto di caccia e contrasterebbe l'espansione dell'abusivismo edilizio e i fenomeni di inquinamento delle acque.
In provincia di Catania i fenomeni di bracconaggio più rilevanti si hanno all'interno della riserva naturale "Oasi del Simeto" che, nonostante sia stata istituita nel 1984, non dispone ancora oggi di un adeguato servizio di vigilanza.

Le zone umide ospitano elevate concentrazioni di specie ed individui di fauna. E' quindi evidente che un'eccessiva presenza antropica e una fruizione non controllata possono determinare un disturbo elevato. Nelle zone umide andrebbero individuate aree in cui precludere la presenza antropica, almeno per alcuni periodi dell'anno, e, nelle aree aperte alla fruizione, creare opportuni mascheramenti di sentieri, camminamenti e capanni al fine di ridurre al minimo il disturbo arrecato dai visitatori.