Tra i progetti di sistemazione realizzati nella riserva dalla data di istituzione del 1999 spiccano in particolare, per la devastazione fin ora prodotta, due interventi entrambi del Comune di Acireale che interessano aree ricadenti interamente nella zona A della riserva e nel sito SIC. Tali interventi sono, allo stato attuale (maggio 2009), in corso di esecuzione.
I lavori relativi di uno di tali progetti hanno previsto la posa di reti in corrispondenza dei basalti colonnari di Grotta delle Colombe, deturpando paesaggisticamente il simbolo più rappresentativo della riserva sotto l’aspetto geologico. Nell’area di Santa Caterina sono stati realizzati due progetti distinti ma contigui (aggirando, in tal modo, il divieto del regolamento della riserva di realizzare progetti di questo tipo su interi versanti).
Entrambi i progetti hanno comportato, per consentire la posa di spropositate e sovradimensionate reti metalliche, la totale e radicale distruzione della fitta vegetazione a macchia mediterranea inizialmente presente, nonché il disgaggio di rocce e lo scivolamento di suolo, determinando un processo erosivo che, in relazione ai tempi di erosione naturale della Timpa, avrebbe richiesto decine di secoli. Gli interventi hanno inoltre determinato la frammentazione degli habitat della riserva. Le reti, infatti, non potranno essere oltrepassate dalla fauna terrestre con dimensioni maggiori a quella delle maglie (8 cm), rendendo pertanto inaccessibili ed inidonee vaste aree della riserva a specie quali volpe, donnola, riccio, coniglio selvatico.
Gli interventi in fase di realizzazione non sono finalizzati ad eliminare situazioni di reale ed immediato pericolo per l’incolumità pubblica in quanto sono stati concepiti per rendere fruibile un tratto di costa attualmente non raggiunto da visitatori (decisione che si sarebbe dovuta peraltro valutare nel Piano di Sistemazione).
 Gravi le irregolarità commesse, tra cui la realizzazione di opere non autorizzate, come gabbioni in rete metallica e pietrame o di opere realizzate in violazione alle prescrizioni dell’Assessorato regionale al Territorio e Ambiente e della Soprintendenza ai Beni Culturali e Ambientali di Catania, come la posa delle reti senza soluzione di continuità.
Per uno dei progetti, addirittura, i lavori sono iniziati prima ancora delle autorizzazioni.
E’ del tutto evidente un’insufficienza nell’istruttoria dei progetti e nei contenuti delle autorizzazioni rilasciate che non hanno garantito la salvaguardia degli aspetti naturalistici e paesaggistici dell’area protetta e del SIC.
L’Ente gestore ha avallato tali scelte e per mascherare tali devastanti interventi, ha persino piantato, ai margini del sentiero che si sta ricostruendo nell’ambito di uno degli interventi, piante di alloro (intervento vietato dal regolamento trattandosi di una specie estranea alla flora autoctona). Di altre essenze, impiantate anch’esse ai margini del sentiero, si sconosce se provengano da germoplasma relativo alla stessa area.
Tali devastanti interventi appaiono inammissibili perché, oltre ad essere realizzati nella zona di massima protezione dell’area protetta, ne hanno distrutto, nelle aree interessate, gli elementi per la conservazione dei quali è stata istituita: vegetazione e formazioni geologiche.
Legambiente ha presentato decine di note di opposizione a tali progetti agli Enti competenti alla tutela del territorio e alcune denunce alla Magistratura.

Uno dei due progetti di sistemazione del Comune di Acireale prevede la realizzazione di una barriera soffolta nello specchio di mare antistante la Grotta delle Colombe. Tale barriera, a sviluppo rettilineo, dovrebbe essere lunga circa 217 m e sarebbe attestata sul fondale posto a 5 m sotto il livello del mare, con berma della larghezza di 6 m, da porre a quota -1 m sotto il livello del mare. La distanza della barriera dalla costa sarebbe di circa 30 m, con punti variabili, in funzione dell’andamento della costa, da circa 20 m a circa 40 m. L’intervento sconvolgerebbe i relativi fondali che sono considerati di notevole bellezza e di elevato interesse naturalistico, tra i meglio conservati e tra i più interessanti dal punto di vista scientifico di tutta la costa ionica etnea.
L’importanza rivestita da tali fondali è dimostrata dagli studi scientifici (su flora e fauna marine) esistenti sull’area in cui si intenderebbe realizzare la barriera soffolta che sono stati del tutto ignorati sia in sede di redazione dello studio di impatto ambientale che in quella di autorizzazione di compatibilità ambientale rilasciata dall’Assessorato regionale al Territorio e Ambiente. A tal proposito si evidenzia che la valutazione che lo Studio di Impatto Ambientale fa dell’impatto dell’opera sui popolamenti algali è affidata ad un solo rigo (peraltro inserito nel paragrafo “fauna marina”) ove si afferma che “egualmente vari sono i popolamenti di alghe note per il Mare Nostrum, tra cui forme rare ed endemiche”. Sono stati effettuati inoltre, su invito di Legambiente, due contributi specialistici da parte di due docenti universitari di chiara fama (prof. ing. Pietro Giuliano Cannata, Docente di Pianificazione dei Bacini dell’Università degli Studi di Siena e prof.ssa Grazia Cantone, Docente di Biologia Marina dell’Università degli Studi di Catania). Tali contributi hanno ulteriormente confermato l’inutilità tecnica dell’intervento e la distruzione dei popolamenti algali e animali che deriverebbe dalla sua realizzazione nonché l’alterazione permanente dell’area.
In particolare il prof. Cannata ha evidenziato che “gli effetti di smorzamento dell’azione meccanica dovuta all’infrangersi delle onde sulla falesia risultano particolarmente efficaci in condizioni di moto ondoso moderato, mentre lo sarebbero di meno in condizioni di moto ondoso elevato, in quanto, in tal caso, le dimensioni e l’energia delle onde sarebbero tali da superare agevolmente la barriera”. La barriera, quindi, risulterebbe inefficace proprio quando si manifestano i fenomeni di erosione dovuti all’effetto dell’energia battente delle onde in condizioni di mare mosso. Il prof. ing. Cannata ritiene, pertanto, errata la scelta della barriera soffolta, la cui tipologia serve per l’erosione delle coste sabbiose (e non per le coste rocciose, come quella in esame), affermando che un’analisi costi benefici dimostra “la non convenienza di realizzare l’intervento”, anche in considerazione dei danni ambientali che sarebbero prodotti.
La prof.ssa Grazia Cantone ha evidenziato l’azione distruttiva che l’enorme massa di pietrame lavico con cui dovrebbe essere realizzata la barriera determinerebbe sul popolamento bentonico residente, in quanto verrebbero “ricoperti e distrutti tutti i popolamenti algali e animali sui quali verrà riversato il materiale della barriera”. Nella sua relazione si osserva che di tale aspetto non si è fatto assolutamente cenno nello Studio di Impatto Ambientale del progetto, approvato dall’Assessorato Regionale del Territorio e Ambiente e che “anche se nel tempo gli inerti verranno colonizzati, si avrà certamente una minore ricchezza specifica dovuta all’uniformarsi dell’habitat certamente più “monotono” di quello attuale”. La prof.ssa Cantone, dopo altre considerazioni sugli effetti negativi che deriverebbero dalla realizzazione della barriera, conclude affermando che essa non risulterebbe, quindi, come sostenuto nello Studio di Impatto Ambientale, perfettamente inserita nell’ambiente marino, ma “sarebbe causa di un profondo cambiamento dell’area”.