Gli incendi hanno segnato profondamente il paesaggio della riserva e la conservazione dei suoi valori naturali. Anche dopo l'istituzione della riserva si sono verificati numerosi incendi di chiara origine dolosa.

Negli ultimi anni è stato attivato da parte dell'ente gestore un servizio antincendio che, tuttavia, non ha impedito il verificarsi di incendi anche devastanti, come quello che, nell’estate del 2007, ha distrutto la vegetazione di ampie aree della Gazzena e di Acquegrandi.

Inoltre, diversamente da quanto prevede la legge, non sono stati ancora censiti, tramite apposito catasto, i soprassuoli percorsi dal fuoco. Si sarebbe dovuto, a tal proposito, anche interdire il pascolo nelle aree percorse da incendio al fine di favorire la ricostituzione della vegetazione naturale.